天嶽院の歴史は真言宗の古寺「不動院」から始まる。 源頼朝公が治承四年（1180年）、伊豆に兵を挙げ鎌倉を目指す途中立ち寄り、 不動明王様に大願成就の祈願をされたとの伝説がある。

明応四年（1495年）、北条早雲公によって伽藍の一寺が創建され、「不動院」を改め曹洞宗の禅寺とし、虚堂玄白禅師を迎えて開山とした。

天正四年（1576年）四世住職の代に伽藍は焼失するが、玉縄城主北条綱成・氏繁公父子によって伽藍が復興された。 更に紀伊大納言徳川光貞卿の信仰篤く、六世住職の代に七堂伽藍が完成された。 この姿が「相中留恩記略」巻之十八に記載されている。

なお天正十九年（1591年）十一月、家康公から三十石の朱印地を賜った事実がある。 安政二年（1855年）二月二十六日、二十二世住職の代に再び火災にあい、大伽藍はことごとく焼失した。焼失を免れ現存する総門（山門）は江戸中期に水戸光圀公が建立したと伝えられる。

昭和五十一年（1976年）春伽藍復興に着手、二十年余を経て平成十年（1998年）七堂伽藍を室町時代の様式に統一して復興した。